清和源氏の流れを汲む小笠原長清を祖とする一族で、甲斐国小笠原を領した事に由来する。
鎌倉時代以降は南信濃に土着して信濃守護を務め、戦国時代は甲斐の武田氏に逐われて一時滅亡したが、小笠原秀政?が徳川家康に仕えて小倉藩15万石の大名として明治まで至る。
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References:[三好氏] [一門] [信濃の四大将]